Colmeias são um local para abrigar abelhas. As colmeias precisam de Quadros de Colmeia dentro delas para que as abelhas possam viver. Remover quadros de uma colmeia ativa fará com que as abelhas ataquem você, a menos que seja feito à noite ou com uma Fogueira embaixo da colmeia ativa. As colmeias podem compartilhar flores. O benefício das flores diminui após 60 flores.
As colmeias conhecem a área em um raio de 5 blocos. Se houver pelo menos 10 flores ao redor da colmeia, há uma chance de um quadro vazio ser preenchido com uma Rainha. Isso é indicado por partículas de abelhas voando ao redor da colmeia. Ter 4 quadros vazios em uma colmeia aumenta muito as chances de abelhas se instalarem.
Se uma colmeia tiver dois quadros com rainhas e um quadro vazio, as duas colônias têm a chance de Reproduzir e criar uma nova rainha no quadro vazio. Isso tem o efeito de transmitir as habilidades de cada progenitor para a prole. Habilidades são características diferentes que as abelhas possuem e que mudam a forma como elas afetam o mundo ao seu redor. Elas estão em uma escala de 1 a 10, sendo 10 o valor máximo.
As abelhas também produzem Mel. Usar Clique Direito com um Pote Vazio em uma colmeia que visivelmente contém mel resulta em um Pote de Mel. Abrir um Pote de Mel resulta em Mel Cru, um substituto para Açúcar.
Pressionar Clique Direito em um quadro preenchido no seu inventário com uma Faca rende Cera de Abelha, que tem muitas utilidades. No entanto, isso mata a rainha dentro do quadro, então tome cuidado!
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O uso mais importante da cera de abelha é na criação de Madeira Serrada Tratada.
Abelhas com habilidade Mutação alta têm maior probabilidade de desenvolver uma Doença Genética. Abelhas doentes transmitem a doença para seus descendentes e não produzem mel.